flowchart TB
    subgraph " "
    v0["Channel.fromPath"]
    v3["Channel.fromPath"]
    v6["Channel.fromList"]
    v8["Channel.fromList"]
    v14["Channel.fromPath"]
    v15["Channel.fromPath"]
    v16["Channel.fromPath"]
    v22["channel.fromSamplesheet"]
    v38["name"]
    v41["action"]
    v142["suffix"]
    v147["outfile"]
    v148["taxlevels_input"]
    v153["outfile"]
    v154["taxlevels_input"]
    v189["script"]
    v192["min_frequency"]
    v193["min_samples"]
    v194["exclude_taxa"]
    v203["tax_agglom_min"]
    v204["tax_agglom_max"]
    v213["tax_agglom_min"]
    v214["tax_agglom_max"]
    v218["outfile"]
    v222["outfile"]
    v226["outfile"]
    v230["outfile"]
    v234["setting"]
    v237["Channel.fromList"]
    v244["metadata"]
    v245["setting"]
    v264["mindepth"]
    v277["Channel.fromList"]
    v292["Channel.of"]
    v304["source"]
    v305["message"]
    v316["tree"]
    v326["ch_workflow_summary"]
    v329["ch_methods_description"]
    v367[" "]
    v390["report_abstract"]
    v391["input_samplesheet"]
    v392["find_truncation_values"]
    v393["vsearch_cluster"]
    v394["filter_ssu_stats"]
    v395["filter_ssu_asv"]
    v396["filter_len_asv_stats"]
    v397["filter_len_asv_len_orig"]
    v398["filter_codons_fasta"]
    v399["filter_codons_stats"]
    v400["itsx_cutasv_summary"]
    v401["sintax_tax"]
    v402["kraken2_tax"]
    v403["pplace_tax"]
    v404[" "]
    v405["run_qiime2"]
    v406["val_used_taxonomy"]
    v407["qiime2_filtertaxa"]
    v408["alpha_rarefaction"]
    v409["sbdi"]
    end
    subgraph NFCORE_AMPLISEQ
    subgraph AMPLISEQ
    v28([RENAME_RAW_DATA_FILES])
    v31([FASTQC])
    subgraph CUTADAPT_WORKFLOW
    v35([CUTADAPT_BASIC])
    v39([CUTADAPT_SUMMARY_STD])
    v42([CUTADAPT_SUMMARY_MERGE])
    v36(( ))
    v44(( ))
    v351(( ))
    end
    subgraph DADA2_PREPROCESSING
    v60([DADA2_QUALITY1])
    v65([TRUNCLEN])
    v71([DADA2_FILTNTRIM])
    v90([DADA2_QUALITY2])
    v64(( ))
    v74(( ))
    v95(( ))
    v102(( ))
    v103(( ))
    end
    v105([DADA2_ERR])
    v112([DADA2_DENOISING])
    v117([DADA2_RMCHIMERA])
    v123([DADA2_STATS])
    v129([DADA2_MERGE])
    v132([MERGE_STATS_STD])
    v134([BARRNAP])
    v137([BARRNAPSUMMARY])
    v143([FORMAT_TAXONOMY])
    subgraph DADA2_TAXONOMY_WF
    v149([DADA2_TAXONOMY])
    v155([DADA2_ADDSPECIES])
    v366(( ))
    end
    subgraph QIIME2_PREPTAX
    v166([FORMAT_TAXONOMY_QIIME])
    v171([QIIME2_EXTRACT])
    v173([QIIME2_TRAIN])
    v9(( ))
    v169(( ))
    end
    subgraph QIIME2_TAXONOMY
    v175([QIIME2_INSEQ])
    v176([QIIME2_CLASSIFY])
    v369(( ))
    end
    v181([PHYLOSEQ_INTAX_QIIME2])
    v185([QIIME2_INASV])
    v187([QIIME2_INSEQ])
    v190([QIIME2_INTAX])
    v195([QIIME2_FILTERTAXA])
    v197([FILTER_STATS])
    v200([MERGE_STATS_FILTERTAXA])
    subgraph QIIME2_EXPORT
    v205([QIIME2_EXPORT_ABSOLUTE])
    v211([QIIME2_EXPORT_RELASV])
    v215([QIIME2_EXPORT_RELTAX])
    v219([COMBINE_TABLE_QIIME2])
    v223([COMBINE_TABLE_DADA2])
    v227([COMBINE_TABLE_PPLACE])
    v231([COMBINE_TABLE_SINTAX])
    v376(( ))
    end
    v235([QIIME2_BARPLOT])
    subgraph QIIME2_BARPLOTAVG
    v238([QIIME2_INASV_BPAVG])
    v242([QIIME2_FEATURETABLE_GROUP])
    v246([QIIME2_BPAVG])
    v240(( ))
    end
    v249([METADATA_ALL])
    v254([METADATA_PAIRWISE])
    subgraph QIIME2_DIVERSITY
    v258([QIIME2_TREE])
    v261([QIIME2_ALPHARAREFACTION])
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    v256(( ))
    v267(( ))
    v268(( ))
    v278(( ))
    v283(( ))
    v377(( ))
    v378(( ))
    v380(( ))
    v382(( ))
    end
    subgraph QIIME2_ANCOM
    v290([QIIME2_FILTERSAMPLES_ANCOM])
    v296([QIIME2_ANCOM_TAX])
    v301([QIIME2_ANCOM_ASV])
    v251(( ))
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    v298(( ))
    v299(( ))
    end
    v306([PICRUST])
    subgraph PHYLOSEQ_WORKFLOW
    v314([PHYLOSEQ_INASV])
    v317([PHYLOSEQ])
    v159(( ))
    v312(( ))
    v387(( ))
    end
    v322([CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS])
    v344([MULTIQC])
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    v7(( ))
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    v136(( ))
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    v386(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v32[" "]
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    end
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