flowchart TB
    subgraph " "
    v0["Channel.fromPath"]
    v5["channel.fromSamplesheet"]
    v13["Channel.of"]
    v104[" "]
    v109[" "]
    v112[" "]
    v122["gtf"]
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    v134["split_amount"]
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    v199["file_ext"]
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    v204["file_ext"]
    v205["split_amount"]
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    v530["sample_names"]
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    v593["replace_names"]
    v594["sample_names"]
    end
    subgraph " "
    v15[" "]
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    v38["nanoplot_png"]
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    v596[" "]
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    v599["versions"]
    v601["multiqc_report"]
    end
    subgraph NFCORE_SCNANOSEQ
    subgraph SCNANOSEQ
    v17([CAT_FASTQ])
    subgraph FASTQC_NANOPLOT_PRE_TRIM
    v35([NANOPLOT])
    v50([TOULLIGQC])
    v62([FASTQC])
    v63(( ))
    end
    v82([NANOCOMP_FASTQ])
    subgraph PREPARE_REFERENCE_FILES
    v105([UNZIP_FASTA])
    v110([UNZIP_GTF])
    v113([SAMTOOLS_FAIDX])
    end
    v123([UCSC_GTFTOGENEPRED])
    v125([UCSC_GENEPREDTOBED])
    v127([PIGZ_UNCOMPRESS])
    v135([SPLIT_FILE])
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    v141([CAT_CAT])
    subgraph FASTQC_NANOPLOT_POST_TRIM
    v154([NANOPLOT])
    v169([TOULLIGQC])
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    end
    v196([BLAZE])
    v201([SPLIT_FILE_BC_FASTQ])
    v206([SPLIT_FILE_BC_CSV])
    v211([PREEXTRACT_FASTQ])
    v215([CORRECT_BARCODES])
    v218([CAT_CAT_PREEXTRACT])
    v221([CAT_CAT_BARCODE])
    v223([PIGZ_COMPRESS])
    subgraph FASTQC_NANOPLOT_POST_EXTRACT
    v240([NANOPLOT])
    v255([TOULLIGQC])
    v267([FASTQC])
    end
    v286([READ_COUNTS])
    v288([MINIMAP2_INDEX])
    v294([MINIMAP2_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_MINIMAP
    v299([SAMTOOLS_SORT])
    v305([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v313([SAMTOOLS_STATS])
    v315([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v317([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v309(( ))
    v365(( ))
    end
    v324([SAMTOOLS_VIEW_FILTER])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_FILTERED
    v332([SAMTOOLS_SORT])
    v338([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v346([SAMTOOLS_STATS])
    v349([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v352([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v342(( ))
    end
    v359([RSEQC_READDISTRIBUTION])
    v367([NANOCOMP_BAM])
    v388([TAG_BARCODES])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_TAGGED
    v391([SAMTOOLS_SORT])
    v397([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v405([SAMTOOLS_STATS])
    v408([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v410([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v401(( ))
    end
    v418([BAMTOOLS_SPLIT])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_SPLIT
    v424([SAMTOOLS_SORT])
    v430([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v438([SAMTOOLS_STATS])
    v441([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v444([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v428(( ))
    v434(( ))
    end
    v451([UMITOOLS_DEDUP])
    v459([SAMTOOLS_MERGE])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_DEDUP
    v465([SAMTOOLS_SORT])
    v471([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v479([SAMTOOLS_STATS])
    v482([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v484([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v475(( ))
    end
    v490([ISOQUANT])
    v493([SEURAT_GENE])
    v497([SEURAT_TRANSCRIPT])
    v501([COMBINE_SEURAT_STATS_GENE])
    v504([COMBINE_SEURAT_STATS_TRANSCRIPT])
    v508([CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS])
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    v6(( ))
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    end
    end
    v14(( ))
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